Während seiner künstlerischen Laufbahn sang Florian Prey sämtliche Partien eines lyrischen Baritons a n namhaften Opernhäusern in Deutschland, Italien, Frankreich, Österreich und der Schweiz. Glanzlichter stellten seine Interpretationen des Papageno in der „Zauberflöte“, des Guglielmo in „Cosi fan tutte“, des Harlekin in „Ariadne auf Naxos“ und des Pantalone in der „Liebe zu den drei Orangen“ dar. Aufsehen erregte sein Jesus in der ersten szenischen Aufführung der Johannespassion von Johann Sebastian Bach im Teatro la Fenice in Venedig. Die Interpretation des Silvio im „Bajazzo“, George Taboris erste Operninszenierung an der Wiener Kammeroper, machte ihn auch einem europäischen Fernsehpublikum bekannt.

Florian Preys besondere Liebe gilt dem Lied und der Barockmusik. In beiden Bereichen hat er mittlerweile internationales Ansehen errungen. Alljährlich ist er bei den renommiertesten Festivals zu Gast.

Neben den klassischen Liederabenden gestaltet Florian Prey auch Programme, die die Musik mit anderen Künsten vereinen, so entstanden zum Beispiel die musikalisch-literarischen Soiréen „Hesse und die Musik“, „Schubert und seine Wiener Freunde“, „Lieder an den Mond“ mit Texten von Hans Christian Andersen und „Mozart und seine Wiener Zeitgenossen“.

Im Jahr 2003 und 2006 führten ihn Liederabend-Tourneen mit dem Pianisten Rico Gulda durch Japan. 2004 folgte eine Tournee durch Österreich (Mozarteum Salzburg, Musikvereinssaal Wien). Im November 2004 sang er erstmals die für seinen Vater erstellte Orchesterfassung der „Winterreise“ in Japan unter der Leitung von Hiroyuki Iwaki.

Zahlreiche Rundfunk- sowie TV-Aufnahmen und CDs dokumentieren seinen künstlerischen Rang.